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宏病毒组

发布时间:2021-09-29人气:
本文摘要:通过病毒序列相互关系网络图可以直观清晰的展示出病毒contigs之间的品貌相关性从而寻找病毒之间互作强弱关系及聚类情况利便快速锁定关键的焦点病毒为后续分析奠基基础。

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通过病毒序列相互关系网络图可以直观清晰的展示出病毒contigs之间的品貌相关性从而寻找病毒之间互作强弱关系及聚类情况利便快速锁定关键的焦点病毒为后续分析奠基基础。

一、病毒序列相互关系网络图

期刊:Nature Communications

二、病毒序列相互关系网络图适用场景

合集|你所体贴的宏病毒组研究都在这里!

三、案例分析

[2] Honey bees harbor a diverse gut virome engaging in nested strain-level interactions with the microbiota

案例一:土壤巨病毒的隐藏多样性[1]

时间:2018.11

作者:Germán Bonilla-Rosso 等

基于Nanopore高通量测序平台的呼吸道熏染病原的检测流程

权威期刊发文难IF5-8分代谢组文章发文指南

现在已研究的巨病毒(nucleocytoplasmic large DNA viruses, NCLDV)只有小部门巨病毒能被乐成分散可能的原因是难以找到适合的宿主供病毒造就而且缺乏有效从宏基因组中挖掘巨病毒的数据的方法这导致巨病毒多样性研究难以开展。作者接纳不依赖造就的“微型宏基因组”方法从土壤中获得16个巨病毒基因组扩展了对巨病毒的认知而且通过衣壳卵白基因(MCP)的研究发现巨病毒的遗传多样性超乎我们的想象。

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核质巨DNA病毒(NCLDV)基因共享网络

案例二:蜜蜂肠道病毒群落结构和宿主的相互关系[2]

病毒序列相互关系网络图在宏病毒组研究中具有重要的意义下面给大家分享几个研究例子研究中皆运用到病毒序列相互关系网络图大家可以通过阅读例子明白噬菌体宿主预测的意义及适用场景。

期刊: PNAS

[1] Hidden diversity of soil giant viruses

在这篇综述中作者讨论了噬菌体在结构、基因组和群落水平上的多样性以及因其基因组的镶嵌性所介导的噬菌体之间庞大的进化关系。

为了实现198个contigs的分类和vOTUs划分保留的病毒序列连同病毒数据库的参考序列以及来自蜜蜂肠道278个基因组的原噬菌体序列做了进化网络分析。为了关注活跃的噬菌体把网络中reads比对为参考序列或者序列低笼罩序列所在的node去除最后网络获得了118个病毒簇(VCs)。

病毒contig和病毒参考序列、原噬菌体序列的进化网络图

案例三:噬菌体多样性、基因组学和系统发育[3]

作者:Moïra B. Dion 等

[3] Phage diversity, genomics and phylogeny

作者:Frederik Schulz

时间:2020.01

本文作者用微生物群落相对简朴、研究透彻的蜜蜂肠道作为模型用宏病毒组手段对蜜蜂肠道的病毒群落结构举行判定同时监控了病毒的时空差异也对分散造就噬菌体举行了宿主预测详细探讨了病毒群落结构和宿主之间庞大的相互关系。


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